Fakturą zaliczkową jest szczególny typ rachunku, który wystawia się w przypadku dokonania zaliczki, zadatku, przedpłaty lub raty, po uiszczeniu kwoty za powyższe. Faktury takiej nie można wystawiać później niż do siódmego dnia od dokonania częściowej wpłaty. Za każdą następną częścią wpłaty, do 7 dni po, powinna iść także faktura potwierdzająca transakcję, nawet jeśli asortyment nie został oddany (lub usługa wykonana).

Niniejszy typ faktury winien składać się z:

• Wysokości naliczanego podatku oraz jej kwoty (podanej w PLN),
• Oznaczenia typu rachunku (na przykład faktura VAT-MP),
• Danych o kupującym oraz sprzedającym (nazwiska, adresy siedziby firm, imiona, nazwy firm),
• Jeżeli sporządzone były wcześniejsze faktury zaliczkowe, należy podać ich daty oraz numery oraz zsumowaną kwotę wszystkich dotychczasowych zaliczek częściowych, wyrażonych brutto,
• NIP-y dwóch stron,
• Dzień, miesiąc i rok sporządzenia oraz numer rachunku,
• Dane odnoszące się do zakupionego asortymentu lub usługi (kwota, ilość, nazwa, podatek, wartość),,
• Wysokość kwoty fragmentu lub całości należności brutto
• Czas otrzymania fragmentu lub całości należności, jeżeli nie pokrywa się ona z datą sporządzenia rachunku.

Jeśli wydarzy się taka sytuacja, że faktury zaliczkowe nie będą obejmować całej kwoty brutto, wtedy zbywający wystawia fakturę w oparciu o zasady ogólne, po oddaniu towaru albo wyświadczeniu usługi. Cenę towaru albo usługi zmniejsza się jednak o dotychczasowe wpłaty fragmentarycznych należności, tak jak i wysokość pobranego podatku musi zostać pomniejszona o uprzednio naliczony, częściowy podatek z faktur zaliczkowych. Faktura ta powinna uwzględniać również numery poprzednich faktur zaliczkowych.

Jeżeli natomiast wyniknie, że faktury zaliczkowe obejmowały całą kwotę brutto, sprzedawca nie wystawia faktury po oddaniu asortymentu albo wyświadczeniu usługi.